Музеен комплекс Южна крепостна стена и кула е открит през 2004 г. Разположен е по средата на крайбрежната алея в южната част на Старинен Созопол. Музейният комплекс включва най-добре запазеният участък на Югоизточната крепостна стена на Созопол от 6 в. със стражева кула, зърнохранилище от 5-6 в. и античен кладенец от 4-3 в. пр.н.е. Някога цялата територия на Созопол е била оградена от крепостна стена, изградена в началото на 6 век (511 г. от н.е.) по време на бунта на Виталиан, командващ източните войски на Византийската империя, срещу император Анастасий. Височината на крепостната стена най-вероятно е била 8-11 м, а широчината й - около 1.7 м. През периода 11-14 в. стената е неколкократно престроявана и доизграждана. Спряла е да функционира в средата на 17 век, след което е разрушена. Запазеният участък от нея включва основен крепостен зид Кортина и основи на стражева кула. Кулата е долепена до стената по време на втория й период (11-14 в.). По цялата югоизточна стена е имало осем такива кули, които са защитавали зърнохранилището. С размери 22 м дължина и 14 м ширина, зърнохранилището е най-голямата сграда, откривана в Созопол. Запазена е на височина до 2.5 м, като голяма част от нея е изложена в приземието на Къща Арнаутски, където през 1995 г. е била открита. В самата сграда са открити множество археологически находки – монети, амфори, гънерта и др. Зърнохранилището е било унищожено в края на 10 в. и началото на 11 в. по време на походите на Йоан Цимисхий в България. Един от малкото напълно запазени кладенци на антична Аполония Понтика е разположен в този музей. Датира от 4-3 в. пр.н.е. и е бил ползван като нимфеум.